Nació el 11 de julio de 1561 en Córdoba (España), era hijo del juez de bienes confiscados por el Santo Oficio de Córdoba don Francisco de Argote y de la dama de la nobleza Leonor de Góngora, estudió en la Universidad de Salamanca, en 1585 fue canónigo beneficiado de la catedral cordobesa.
Desde 1589 viajó en diversas comisiones de su cabildo por varias ciudades de España. Compuso entonces numerosos sonetos, romances y letrillas satíricas y líricas, y músicos como Diego Gómez, Gabriel Díaz o Claudio de la Sablonara le buscaron para musicar estos poemas.
En 1609 regresó a Córdoba y empezó a intensificar la tensión estética y el barroquismo de sus versos. Entre 1610 y 1611 escribió la Oda a la toma de Larache y en 1613 el Polifemo, un poema en octavas que parafrasea un pasaje mitológico de las Metamorfosis de Ovidio; en el mismo año divulgó en la Corte su poema más ambicioso, las incompletas Soledades. Este poema desató una gran polémica a causa de su oscuridad y afectación y le creó una gran legión de seguidores, los llamados poetas culteranos (Salvador Jacinto Polo de Medina, fray Hortensio Félix Paravicino, Francisco de Trillo y Figueroa...) así como enemigos entre conceptistas como Francisco de Quevedo o clasicistas como Lope de Vega. Algunos de estos, sin embargo, llegaron con el tiempo a militar entre sus defensores, como Juan de Jáuregui. El caso es que su figura se revistió de aún mayor prestigio, hasta el punto de que Felipe III le nombró capellán real en 1617. Para desempeñar tal cargo, vivió en la Corte hasta 1626, arruinándose para conseguir cargos y prebendas a casi todos sus familiares; al año siguiente, en 1627, perdida la memoria, marchó a Córdoba, donde murió de una apoplejía en medio de una extrema pobreza. Velázquez lo retrató con frente amplia y despejada, y por los pleitos, los documentos y las sátiras de su gran enemigo, Francisco de Quevedo